Junya Watanabe sinh ra ở Fukushima, Nhật vào năm 1961. Ông tham dự trường Cao đẳng Thời trang Bunka ở Tokyo và tốt nghiệp vào năm 1984.

Sau thời gian này, ông bắt đầu học việc tại Comme des Garcons, công ty của huyền thoại Nhật Bản Rei Kawabuko với vị trí là thợ làm khuôn.

Năm 1987, ông được thăng chức Giám đốc thiết kế của dòng dệt kim Tricot và sau đó chuyển sang thiết kế cho dòng Comme Des Garcons Homme.

Năm 1882, ông làm việc dưới tên riêng của mình nhưng vẫn là một phần của Comme des Garcons. Ông bắt đầu với dòng riêng với tên gọi "Junya Watanabe Comme Des Garcons" vào năm 1997 và bắt đầu xuất hiện ở Paris. Năm 1994, Junya Watanabe tung ra nhãn hiệu riêng, sau khi ra mắt bộ sưu rập riêng, ông đã tiếp tục cho ra mắt bộ sưu tập của người bạn, người thầy Rei Kawakubo.

Những thiết kế của ông chịu ảnh hưởng từ người thầy Kawabubo nhưng cách tiếp cận lại mang dấu ấn cá nhân của riêng mình. Ông là nhà thiết kế luôn hướng đến tương lai, những gam màu neon hay những chi tiết trừu tượng đậm nét phương Đông với những nếp gấp, xếp ly ngẫu nhiên tạo nét đặc trưng cho Watanabe. Những buổi trình diễn thời trang trở nên đáng chú ý khi đều vắng mặt âm thanh, màu sắc cũng như hiệu ứng sân khấu vì ông muốn khán giả không bị phân tâm bởi bất kỳ yếu tố nào, chú ý 100% đến sự xuất hiện của những bộ trang phục, .

Ông đặc biệt quan tâm đến lĩnh vực dệt và công nghệ dệt tiên tiến ghi dấu ấn đậm nét trong những bộ sưu tập Xuân – Hè 2001, 2003. Watanabe được xem là nhà thiết kế tạo ra những bộ trang phục có cấu trúc bất thường với vật liệu được tạo ra bởi kỹ thuật hiện đại.